Chorwacja o krok od niepodległości. W pierwszych demokratycznych wyborach, które odbyły się w kwietniu 1990 r., zwycięstwo odniosła Chorwacka Wspólnota Demokratyczna z Franjo Tudjmanem na czele. Na inauguracyjnym posiedzeniu nowego chorwackiego parlamentu w maju 1990 r. postanowiono m.in. znieść wszelkie symbole socjalistyczne i zastąpić je narodowymi – chorwackimi. Doszło wówczas (już w lipcu 1990 r.) do lokalnych buntów Serbów (w liczbie ok. 600 tys.) mieszkających na terenie republiki.
22 grudnia 1990 r. uchwalono nową konstytucję. Serbowie zostali w niej potraktowani jako mniejszość, co wywołało ich sprzeciw. 12 maja w referendum przeprowadzonym wśród Serbów zamieszkujących północno-zachodnią Chorwację 90% głosujących opowiedziało się za wcieleniem tych terytoriów do Serbii oraz za integralnością z Jugosławią. Sytuacja stawała się coraz bardziej napięta.
Pierwsze walki Serbów z Chorwatami wybuchły w maju w miejscowości Borovo Selo pod Vukovarem. 19 maja w referendum (zbojkotowanym przez Serbów) za utworzeniem samodzielnego państwa opowiedziało się 94% głosujących (przy 60% frekwencji).
25 maja 1991 r. Słowenia i Chorwacja ogłosiły niepodległość. Równocześnie autonomię i przyłączenie do Serbii obwieścili Serbowie z Krajiny. W grudniu tego roku proklamowali powstanie samozwańczej Republiki Serbskiej Krajiny ze stolicą w Kninie, która jednak nigdy nie została uznana przez społeczność międzynarodową. 26 maja rząd Jugosławii potraktował decyzje o niepodległości Słowenii i Chorwacji jako bezprawne, wskutek czego wojska Jugosłowiańskiej Armii Ludowej zaatakowały Słowenię, a następnie Chorwację.
Domovinski rat, czyli wojna w obronie ojczyzny. W lipcu 1991 r. Jugosłowiańska Armia Ludowa, składająca się głównie z Serbów, a wspomagana przez oddziały czetników, rozpoczęła brutalną agresję na Chorwację. Choć Chorwacja zgodziła się zawiesić deklarację niepodległości na okres trzech miesięcy, nie zapobiegło to okrutnej wojnie.
Wiele miejscowości i wsi zostało zniszczonych lub spalonych. Obok miast, które ucierpiały najbardziej, takich jak: Osijek, Słayonski Brod, Vinkovci, Sisak, Szybenik, Dubrownik, największe zniszczenia dotknęły Vukovar. Podczas oblężenia tego miasta, trwającego od sierpnia do listopada 1991 r., dokonano straszliwych zbrodni — do tej pory odkrywane są masowe groby bestialsko pomordowanych. W czasie walk na terenie Chorwacji zginęło ok. 10 tys. ludzi, a setki Chorwatów w obawie przed terrorem musiały opuścić swoje domy.
W październiku 1991 r. zaatakowana została stolica Chorwacji — Zagrzeb. Nie cofnięto się też przed ofensywą na przepiękny zabytkowy Dubrownik.
Zgodnie z podpisanym w Sarajewie porozumieniem z 2 stycznia 1992 r., Chorwacja i przedstawiciele innych republik byłej Jugosławii przystali na przyjęcie planu wysłannika Wspólnoty Europejskiej Cyrusa Vance’a. W połowie tegoż roku na pewien czas ustały działania wojenne w Chorwacji, a do kraju przybyli żołnierze sił pokojowych ONZ. Część ziem (np. tereny zachodniej i wschodniej Sławonii oraz Krajina) nadal pozostawała w rękach chorwackich Serbów, którzy cały czas dążyli do połączenia z Serbią.
W styczniu 1993 r. siły chorwackie oswobodziły Novsko źdrilo, obszary wokół Zadaru oraz zaporę w miejscowości Perućac. W maju 1995 r. dzięki akcji chorwackiej armii do kraju powróciły obszary zachodniej Sławonii, a tereny te opuściło kilkanaście tysięcy ludzi narodowości serbskiej. W tym czasie Serbowie po raz drugi zaatakowali Zagrzeb (zginęło kilka osób, a wiele zostało rannych). W sierpniu 1995 r. po krótkiej, ale skutecznej operacji zwanej Chorwacka Oluja (Burza), również Krajina wraz z Kninem wróciły do Chorwacji. Uciekło stamtąd wówczas ponad 150 tys. Serbów. Działania wojenne ustały dopiero w 1995 r.
Latem 1998 r. dzięki międzynarodowej interwencji pokojowej, a szczególnie dwuletnim staraniom Amerykanina J. Klaina, wschodnia Sławonia, Baranja i zachodni Srijem przeszły drogą pokojową pod kontrolę rządu i policji chorwackiej.
Wojna w Chorwacji spowodowała olbrzymie zniszczenia materialne, jednak największe straty dotknęły ludzi – utracili swoich najbliższych, wielu dotąd uznanych jest za zaginionych, a liczni uchodźcy chorwaccy nadal tułają się po świecie.
Chorwacja została uznana przez Niemcy jeszcze w grudniu 1991 r., następnie 13 stycznia 1992 r. przez Stolicę Apostolską, 15 stycznia przez kraje Wspólnoty Europejskiej, a 7 kwietnia przez USA. W skład ONZ państwo weszło 22 maja 1992 r.
W czasie pierwszych wyborów w niepodległej ojczyźnie absolutną większość w parlamencie uzyskała Chorwacka Wspólnota Demokratyczna (HDZ), a na prezydenta został wybrany Franjo Tudjman, który funkcję tę sprawował aż do śmierci w 2000 r. Jego następca, socjaldemokrata Stjepan Mesić, 29 czerwca 2000 r. złożył wizytę w Senacie RP. Z kolejną oficjalną wizytą przybył do Polski we wrześniu 2004 r.
Pierwsze lata nowego stulecia były dla Chorwatów raczej pomyślne. Wzrost gospodarczy osiągnął 5%, jednak powołanemu przez Mesicia rządowi premiera Ivicy Raczana zarzucano, że zmiany są okupione zbyt wielkimi kosztami społecznymi.
W czerwcu 2004 r. Rada Europy ogłosiła rozpoczęcie w 2005 r. negocjacji w sprawie wejścia Chorwacji do Unii.